গ্রেপ্তারের পরের দিন তাঁকে টাকি গ্রামীণ হাসপাতালে শারীরিক পরীক্ষার জন্য নেওয়া হয়। চিকিৎসক আল আমিনকে পরীক্ষা করেন। কিন্তু তার শরীরে কোনো আঘাতের চিহ্ন বা শারীরিক অসুস্থতার প্রমাণ পাননি বলে প্রতিবেদন দেন। আদালতের নির্দেশে আল আমিনকে বসিরহাট কারাগারে পাঠানো হয়। কিন্তু কারাগারে ঢোকার পর অসুস্থ হয়ে পড়েন আল আমিন। তাঁকে বসিরহাটের সরকারি হাসপাতালে পাঠানো হয়। শারীরিক অবস্থার অবনতি হলে কলকাতার আরজি কর মেডিকেল কলেজ হাসপাতালে পাঠানো হয়। সেখানে আল আমিন মারা যান। বন্দী অবস্থায় আল আমিনকে নির্যাতনের অভিযোগ ওঠে।

এ ঘটনার পর রাজ্য মানবাধিকার কমিশন এই ঘটনার বিস্তারিত প্রতিবেদন চেয়ে পাঠান। ওই প্রতিবেদন দেখে কমিশন ঘটনার তদন্ত শুরু করেন। মানবাধিকার কমিশনের তদন্ত টিমের সদস্যরা কারাগারের কর্তব্যরত ওয়ার্ডার, অফিসার, চিকিৎসকসহ কয়েকজনের সঙ্গে কথা বলেন। প্রত্যেককেই নির্যাতনের ঘটনা অস্বীকার করেন।

আল আমিনের ময়নাতদন্ত রিপোর্ট দেখে কমিশনের সদস্যরা বুঝতে পারেন মাথায় গুরুতর আঘাতে আল আমিনের মৃত্যু হয়েছে। ময়নাতদন্তের ৭ থেকে ১০ দিন আগে সে আঘাত লেগেছিল। এরপর কমিশন তদন্ত শুরু করে। যে পুলিশ কর্মকর্তা আল আমিনকে গ্রেপ্তার করেছিল, সেই অফিসারকে জিজ্ঞাসাবাদ করে কমিশন জানতে পারে, ওই পুলিশ কর্মকর্তা সঠিক তথ্য দেননি। টাকির গ্রামীণ হাসপাতালেও শারীরিক পরীক্ষায় কোনো সমস্যা ধরা পড়েনি। পুলিশ, চিকিৎসক, কারা কর্তৃপক্ষকে জিজ্ঞাসাবাদ করে নানা অসংগতি পায় কমিশন। তারা মনে করে, এই মৃত্যুর পেছনে পুলিশ এবং চিকিৎসকদের যথেষ্ট গাফিলতি ছিল।

আল আমিনের মৃত্যুর কারণ খুঁজতে পশ্চিমবঙ্গ মানবাধিকার কমিশনের চেয়ারম্যান অবসরপ্রাপ্ত বিচারপতি গিরীশ চন্দ্র গুপ্তর নেতৃত্বাধীন ডিভিশন বেঞ্চ বিশেষ সুপারিশ করেছে, ভারতীয় দণ্ডবিধির ৩০৪ ধারায় অনিচ্ছাকৃত খুনের মামলা রুজু করে সিআইডিকে দিয়ে ঘটনার তদন্ত করানোর। পাশাপাশি যে পুলিশ কর্মকর্তা আল আমিনকে গ্রেপ্তার করেছিল এবং যে চিকিৎসক প্রথম তাকে পরীক্ষা করেছিল তাঁদের বিরুদ্ধে বিভাগীয় ব্যবস্থা গ্রহণের সুপারিশ করেছে। এই সুপারিশের চিঠি পশ্চিমবঙ্গের মুখ্যসচিবকেও পাঠিয়েছে মানবাধিকার কমিশন।